Résumé:
نجد غالبية التشريعات الإجرائية تعتنق مبدأ الفصل بين سلطتي الاتهام والتحقيق لما يوفره من ضمانات أهمها الحياد التام ونزاهة التحقيق وحسن سير العدالة وإن كان الفصل بين جهة الاتهام وجهات التحقيق تجسده فكرة عدم تقيد قاضي التحقيق بطلبات النيابة العامة وله رفض هذه الطلبات والمبادرة بنفسه باتخاذ أي إجراء يراه لازما لإظهار الحقيقة حتى ولو كانت النيابة العامة تسعى في الغالب للبحث عن أدلة الإثبات التي تثبت التهمة على المتهم.
فإن قاضي التحقيق يسعي للبحث عن كل الأدلة سواء كانت أدلة الإثبات أو أدلة النفي تطبيقا للمادة 68 من ق.إ.ج.ج، وإن كانت الاستقلالية تظهر أيضا في كون منصب قاضي التحقيق منصبا قضائيا نوعيا تطبيقا للمادتين 49 و50 من القانون العضوي رقم 04- 11 المؤرخ في 6 سبتمبر 2014 المتعلق بالقانون الأساسي للقضاء.
غير أن مبدأ الفصل يشوبه بعض الغموض يظهر من خلال ما هو مخول لوكيل الجمهورية من سلطة اختيار قاضي التحقيق من بين قضاة التحقيق لدى المحكمة بموجب نص المادة 70، وأيضا عدم قدرة قاضي التحقيق على التحقيق ما لم يطلب منه وكيل الجمهورية وكما يظهر الغموض أيضا في نص المادة 67/3 التي يظهر منها أن قاضي التحقيق يقوم بالاتهام: "... ولقاضي التحقيق سلطة اتهام كل شخص ساهم بصفته فاعلا أو شريكا في الوقائع المحال تحقيقها إليه...".
لكن بالرغم ما قيل إلا أنه يجب ألا نحمل النيابة العامة ظلما، أنها تسعى دوما لإثبات الإدانة، ومعاقبة المتهم، بلي تسعي لحماية النظام العام